Основной индекс. Документы, попавшие в него, рейтингуются по различным параметрам, и участвуют в построении серпа. Пользователь поисковика, набирая запрос, переходит именно на документы, которые находятся в основном индексе.
Дополнительный индекс, он же Supplemental Index (сапплементал, "сопли", и прочие ругательства). Документы, контент которых не представляет никакой ценности, прямиком попадают в Гугловый ад - там они и будут пребывать, пока юзер не наберёт какой-нибудь особо экзотический запрос, для которого не нашлось ответа в документах Гуглового рая, основного индекса.
Почему ваш сайт может попасть в дополнительный индекс ?
Таких причин может быть несколько :
Явная вторичность контента.
Документ с не оригинальным, копипащенным контентом, для которого уже есть прямые аналоги в основном индексе Гугла, совершенно без всяких раздумий направляется в дополнительный индекс, если только вообще попадает хотя бы даже туда.
Недостаточность объёма текста.
Документ с пусть и оригинальным контентом, но крайне малым объёмом текста вряд ли может претендовать на особое к себе внимание. Недаром же всякие гуру настаивают на цифре в районе хотя бы пары килобайт чистого текста на страничку, не считая HTML теги форматирования.
Дублированность контента в рамках сайта.
Если некоторые страницы одного и того же сайта очень друг на друга похожи, и мало чем различаются, то все эти документы почти наверняка никак не минуют дополнительного индекса Гугла.
Существенное отклонение тематики документа от основной.
Если какая-то страничка сайта контекстно совершенно не вяжется с превалирующей темой ресурса, то умный Гугл может счесть её за белую ворону, и проигнорировать.
Плохая карма.
Сайты бывают трастовые и мусорные. Ссылки с документа на трастовые сайты приобщают сам документ к большому и светлому, а вот ссылки на всяких придурков однозначно говорят Гуглу, что и сам автор документа недалеко от этих придурков ушёл. Сей документ с большой долей вероятности будет размещён в сапплементале, а при большом числе таких документов на сайте они утащат в Гугловый ад весь этот сайт целиком.